两个记分周期可以分开扣2次12分吗？

不可以。2次违章累积记分达到12分的，需要去公安机关交通管理部门学习科目一（7天），学习完成后参加车管所安排的考试，考试及格了清除记分。拒绝学习或者考试的，停用驾照。
依据《机动车驾驶证申领和使用规定》
第六十八条 机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证。